Un métabolite désigne d’une part une molécule issue du métabolisme d’un organisme. On distingue les métabolites primaires qui sont indispensables aux réactions métaboliques (acides aminés, vitamines…) et les métabolites secondaires qui n’interviennent pas directement dans ces réactions mais remplissent des fonctions importantes (phéromones, pigments…).
Ce terme désigne également des composés organiques intermédiaires issus d’une molécule mère, formés par exemple par dégradation par les UV. Ils peuvent servir d’indicateurs d’une pollution ou d’une contamination par une substance toxique.
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